La cuenca principal la constituye el río Cauca el cual atraviesa de sur a norte departamento del Cauca. El tramo de la cuenca del río Cauca correspondiente al municipio de Puerto Tejada está conformada en su margen derecha, por la desembocadura y la parte baja de dos subcuencas que son: El río Desbaratado, que sirve de limite entre los departamentos del Valle del Cauca y el Cauca, nace en la cordillera Central, en las lagunas la Sonora y la soledad, tiene una longitud de 53 km y recorre previamente los municipios de Miranda y Florida; el río Palo, que nace en la cordillera central en el Nevado del Huila y en su recorrido pasa por los Municipios de Paez, Toribio, Caloto y por ultimo el Municipio de Puerto Tejada. El paisaje del Municipio parece completamente plano y homogéneo a primera vista, sin embargo se presentan diferentes formas de relieve. La cota mínima para Puerto Tejada es 955 metros sobre el nivel del mar y la máxima es de 985 metros sobre el nivel del mar. El piso térmico predominante en el Municipio es el cálido y según la clasificación de zonas de vida R. L. Holdridge, el Municipio de Puerto Tejada corresponde al bosque seco tropical, con temperaturas mayores de 23 grados y precipitaciones pluviales entre 1000 - 2000 mm.

En el Municipio de Puerto Tejada es fácil encontrar  y observar animales como lagartijas, ardillas, zorros, armadillos, loros grandes, salamandras; es muy común encontrar serpientes como la cazadora negra, cazadoras verdes, culebra rayuela, culebra dormilona, coral rabo de ají, tortugas de diferentes especies, iguanas que eran muy común y abundantes sapos, ranas y peces como sabaleta, sábalo, bagres, sardinas, bocachico, tilapias. También se encuentran especies como  loros (Forpussp), se han visualizado algunas nutrias, aún se observan serpientes venenosas como la Rabo de ají y muy eventualmente se ven culebras cazadoras, negras y verdes. La diversidad de aves es muy limitada debido a la aparición del monocultivo de la caña de azúcar  que los ha obligado a vivir cerca de los asentamientos humanos, actualmente no se observa mas de 46 especies en todo el Municipio. La presencia de mamíferos se encuentra reducida y es frecuente ver las ratas (Ratusratus) y ratones (Mus musculos) murciélagos en la ciudad y en los campos eventualmente  una zarigüeya. 

En el municipio se encuentran pequeños vestigios de la vegetación predominante en el pasado, en las orillas de los ríos y cañadas, como también dentro de las parcelas de finca tradicional que todavía existen. La vegetación propia de esta zona ha sido la más amenazada debido a las actividades agropecuarias, al monocultivo de la caña de azúcar y al aumento de los asentamientos humanos.  En los humedales se encontraban desde plantas herbáceas totalmente acuáticas  hasta arboles que soportaban lasa inundaciones periódicas. Estos humedales se encuentran hoy en día sobre la margen derecha del río Cauca, desapareciendo por completo los que se ubicaban en el resto del Municipio